Bon et bien désolé du double poste. J'ai trouvé une solution qui pourra peut-être servir.
J'avais donc une version modifiée de desmume via le pack winDS pro de boggyfr. L'emulateur desmume ne prenait pas mes sauvegardes en compte. Donc pour l'exportation, rien de plus simple.
1) Lancez desmume
2) Cliquez sur file : open ROM
3) Choisissez votre ROM
4) File => Import Backup Memory
5) Choisissez votre fichier .sav de nds
6) Emulation => GBA Slot
7) Dans la liste déroulante, choisissez gba game
Sélectionnez votre rom gba et vérifiez que la sauvegarde a le même nom que la rom et est présente dans le même répertoire
9) Lancez l'émulation, vous aurez l'option "Importer depuis (Emeraude|Rubis|Saphir)"